Los perros, especialmente los perros callejeros o salvajes, son otra amenaza importante para la conservación de los lobos. Estos perros se caracterizan por no tener dueño (no hay nadie que se haga cargo de ellos) y, muchas veces, se alimentan en cubos de basura, pudiendo incluso cazar y atacar a animales domésticos. Su aparición en los territorios ocupados por el lobo puede dar lugar a la transmisión de enfermedades, la competencia por el espacio y el alimento, o incluso la muerte de los lobos juveniles cuando son atacados por manadas de perros. 

Además, como se mencionó anteriormente, estos perros pueden atacar al ganado y especies cinegéticas, ataques que muchas veces se atribuyen al lobo, contribuyendo a aumentar el conflicto con las comunidades rurales. Además, estos casos son en ocasiones motivo del uso de veneno y otros métodos ilegales de captura de estos perros, que pueden afectar al lobo y a otras especies de fauna.

Hibridación entre lobo y perro.

Otra de las amenazas que estos perros pueden suponer para la integridad de la población es la posibilidad de poder aparearse con el lobo. De hecho, debido a que son animales muy similares, los apareamientos entre perros y lobos dan lugar a híbridos fértiles.  En poblaciones estables de lobos, la aparición de hibridaciones no parece constituir un peligro, sobre todo porque en estas condiciones el consumo de perros por parte de los lobos es relativamente frecuente. Sin embargo, cuando la población de lobos está fragmentada y reducida, la existencia de perros callejeros y/o salvajes puede conducir a altas tasas de hibridación, con el potencial de destruir la identidad genética del lobo. Esta situación es particularmente grave en Italia, por ejemplo.

En Portugal, a pesar de la gran cantidad de muestras de lobo analizadas genéticamente, solo se confirmó la ocurrencia de dos eventos de hibridación. El primero se registró en 2008 en Arcos de Valdevez (Cabana Maior), en una zona marginal de la cordillera del lobo. Este evento dio como resultado tres individuos híbridos, genéticamente confirmados como hermanos y fruto del apareamiento entre un lobo y un perro. Dos de estos individuos fueron identificados luego de que fueran hallados muertos tras ser atropellados. El segundo evento se registró en 2014, con la recolección del cadáver de una cría híbrida, en S.Pedro do Sul (Serra da Arada). En esta región ha habido más avistamientos de lobos con características atribuibles a híbridos y grupos mixtos, compuestos por lobos y perros, pero que no han sido confirmados genéticamente.